1702 թ․-ից Թիմոր կղզու արևելյան մասը գտնվում էր պորտուգալացիների գաղութային տիրապետության տակ։ 1974 թ․ պորտուգալացիները լքեցին Թիմոր կղզին, որից հետո որոշ քաղաքական կուսակցություններ փորձեցին գլխավորապես կաթոլիկներով բնայեցված Արևելյան Թիմորը միավորել մահմեդական մեծամասնություն ունեցող Ինդոնեզիայի հետ։

1975 թ․ Արևելյան Թիմորում սկսված քաղաքացիական պատերազմում հաղթանակ տարավ Արևելյան Թիմորի Անկախության Հեղափոխական Ճակատը, որը նույն թվականի նոյեմբերին հայտարարեց անկախություն հռչակելու մասին։

Սակայն 1975 թ․ վերջին Ինդոնեզիան ռազմական ներխուժում իրականացրեց Արևելյան Թիմոր և այն անեքսիայի ենթարկելով՝ 1976 թ․ հռչակեց որպես իր 27-րդ նահանգ։ Ինդոնեզիան Արևելյան Թիմորին տիրանալու համար իրագործեց զանգվածային սպանություններ։ Ինդոնեզական բանակը արևելյան թիմորցիների անկախական ձգտումները ճնշելու նպատակով նրանց նկատմամբ բազմապիսի բռնություններ էր գործի դնում, սովի մատնում, լայնորեն կիրառում նապալմ և արգելված քիմիական զենքեր։

Ինդոնեզիայի հիմնական նպատակն էր նվազեցնել Արևելյան Թիմորի բնակչության թիվը և նրանց փոխարեն կղզու արևելյան մասում բնակեցնել ինդոնեզացիների՝ այնպես, որ նրանք մեծամասնություն կազմեին։ Ընդհանուր առմամբ Արևելյան Թիմորի բնակչության մոտ մեկ երրորդ մասը (200 հազար մարդ) զոհ գնաց ցեղասպանությանը։

1991 թ․ Արևելյան Թիմորի մայրաքաղաք Դիլիում տեղի ունեցած կոտորածը, երբ ինդոնեզացի զինվորականները գնդակահարեցին անկախության համար բողոքի դուրս եկած ցուցարարներին, բեկումնային նշանակություն ունեցավ Արևելյան Թիմորի անկախության պայքարի համար, քանի որ նրանց շարժումն աջակցություն գտավ Պորտուգալիայում, Ավստրալիայում, Ֆիլիպիններում և արևմտյան երկրներում։ Ինդոնեզիայի վրա մեծ միջազգային ճնշում գործադրվեց։

Ի վերջո Ինդոնեզիայի նախագահ Սուհարտոյի պաշտոնաթողությունից հետո, Ինդոնեզիայի և Պորտուգալիայի միջև ՄԱԿ-ի հովանավորությամբ կնքված համաձայնագրով թույլ տրվեց 1999 թ․ օգոստոսին ՄԱԿ-ի կողմից վերահսկվող ժողովրդական հանրաքվե անցկացնել։ Հանրաքվեի արդյունքում Արևելյան Թիմորի բնակչության ճնշող մեծամասնությունը կողմ քվեարկեց անկախությանը։ ՄԱԿ-ի կողմից կառավարվող անցումային շրջանից հետո՝ 2002 թվականի մայիսի 20-ին, Արևելյան Թիմորը միջազգային ճանաչում ստացավ որպես անկախ պետություն: